经生态环境部批准，西北督察局目前内设7个机构，分别是：办公室、党委办公室（人事处）、督察一处、督察二处、督察三处、督察四处、督察五处。
办公室职责
承担文电、会务、保密、安全、档案、财务、后勤等工作，承担督察业务综合协调工作。
党委办公室（人事处）职责
承担党务、纪检、人事等工作。
督察一处职责
负责对陕西省的相关督察工作。
督察二处职责
负责对甘肃省的相关督察工作。
督察三处职责
负责对青海省的相关督察工作。
督察四处职责
负责对宁夏回族自治区的相关督察工作。
督察五处职责
负责对新疆维吾尔自治区和新疆生产建设兵团的相关督察工作。
